东京篇
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明治维新后十年（1878年），主角绯村剑心流浪至东京，受神谷活心流代理师范神谷薰的挽留而住下。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人；又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗；其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋（千人斩拔刀斋）（人斩り抜刀斎）。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。
京都篇
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前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。
漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇（黑骑士团篇）及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。
追忆篇
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故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代（东京篇之前的故事）。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。
OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。
人诛篇
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雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈（神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响）。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持著其姊的日记消失在剑心等人面前。
番外篇
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结束连载以后以SP模式发表两个番外篇，分别是《早春樱花》（收录于《剑心华传》）及《弥彦的逆刃刀》（发表于周刊少年Jump2000年3・4合并号）。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。番外篇之后收录于完全版当中。
第零幕（特笔版）
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2012年初，日本漫画杂志“JUMP SQ”宣布《神剑闯江湖》将于八月在《周刊少年Jump》推出《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。“JUMP SQ”2012年6月号起开始连载新篇章《神剑闯江湖─特笔版─》，内容沿用本篇角色，但将故事和人物设定重新编排，与本篇故事没有剧情关联。《第零幕》的定位为特笔版和真人剧场版的前传，之后收录在特笔版的单行本中。电视动画第二作改为剑心的回忆片段，剧情和角色大致相同。
北海道篇
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2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年（1885年），绯村剑心和妻子绯村薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。新撰组的永仓新八也在“北海道篇”出现。剑心等人在北海道遭逢的敌人是称为“剑客兵器”的古老武装团体。